Аскынская ледяная пещера находится в зоне типичных широколиственных липово-кленово-дубовых лесов с бедным флористическим составом. В тоже время полость пещеры является важнейшим убежищем по зимовке и сохранению четырех видов летучих мышей из отряда Рукокрылые (Chiroptera), два из которых – прудовая ночница (Myotis dasycneme) и бурый ушан (Plecotus auritus).) занесены в Красную книгу Республики Башкортостан.
На полянах и в лесу в окрестностях пещеры произрастает тюльпан Бибирштейна (Tulipa biebersteiniana), встречаются безногая ящерица – веретеница ломкая (Anguis fragilis), бабочка мнемозина (Parnassius mnemosyne) и очень редкий вид – альпийский усач (Rosalia alpina). Все эти виды занесены в Красную книгу Республики Башкортостан, а альпийский усач также занесен в Красную книгу Российской Федерации и Красный список Международного союза охраны природы.
Аскынская ледяная пещера является памятником природы с 1965 года(*Постановление Совета Министров Башкирской АССР от 17.08.1965 г. № 465). На ее территории запрещены: посещение пещеры с использованием открытого огня; вынос пещерных образцов; любая рубка леса, за исключением санитарной; добыча полезных ископаемых; любая хозяйственная деятельность, которая может привести к ухудшению состояния пещерного комплекса. Разрешены: научные исследования, регулируемое посещение пещеры туристами с инструктором в целях безопасности – с 1 апреля по 1 декабря допустимо посещение пещеры группами, не превышающими 10 человек с 50-минутным интервалом захода; время пребывания в пещере – не более 20 минут; со 2 декабря по 2 апреля – посещение группами не более 20 человек с 30-минутным интервалом захода; время пребывания в пещере – не более 30 минут.
| Русское название вида | Латинское название вида | Башкирское название |
| Тюльпан Биберштейна | Tulipa biebersteiniana | Биберштейн тюльпаны |
| Прудовая ночница | Myotis dasycneme | Яр ярғанаты |
| Бурый ушан | Plecotus auritus). | Көрән оҙонғолаҡ ярғанат |
| Веретеница ломкая | Anguis fragilis | Орсоҡ йылан (баҡыр кеҫәртке) |
| Мнемозина | Parnassius mnemosyne | Мнемозина (Ҡара апполон) |
| Альпийский усач | Rosalia alpina | Мыйыҡлы альп ҡуңыҙы |
The material was prepared jointly with the Institute of Biology of the Ufa Federal Research Center of the Russian Academy of Sciences (RAS)
